一、項目前期，打好基礎
項目前期，是指MES軟硬件安裝之前的階段。這個階段非常重要，關系到項目的成敗，但往往為實際操作所忽視。這個階段的工作主要包括前面提到的MES培訓、車間現場問題診斷、需求分析以及軟件選型等方面的工作。
車間現場問題診斷，是指由企業的高層領導、車間（分廠）領導和項目組人員用MES的思想對車間（分廠）現行業務流程和存在問題進行評議和診斷，尋求解決方案，用書面形式明確預期目標，并確定評價實現目標的標準。
需求分析方面，企業需要理智地進行分析以下問題：
◆企業當前迫切需要解決的問題是什么，MES系統是否能夠解決？
◆MES系統的投資回報率如何？
◆在財力上，企業能不能支持MES的實施？
◆上MES的目的所在，系統到底能夠解決哪些問題、達到哪些目標？
◆基礎管理工作有沒有理順或準備在上MES之前讓咨詢公司幫助理順？人員的素質夠不夠高？
認真考慮以上問題之后，企業應該將分析結果寫成需求分析和投資效益分析正式書面報告，從而做出是否上MES項目的正確決策。
二、實施準備，“軟”“硬”兼施
在運行MES系統之前，要準備并錄入一系列基礎數據，部分基礎數據是在運用系統之前往往沒有或未明確規定的，故需要做大量分析研究的工作。基礎數據通常包括產品結構、物料（包括物料編碼規則、零件、毛坯、在制品、刀具、工裝、工具、量檢具等）、工藝路線、加工工時、物料庫存、設備與人員資源、各種例外代碼與原因代碼等信息。
在MES系統安裝和實施之前，必須把網絡系統建設好。MES所需的網絡，除了一般的局域網外，還涉及車間現場數據采集與控制網絡。車間現場網絡可采用多種形式，如工業以太網、現場總線、RS-485網絡或RS-232網絡等。具體的網絡形式，應根據數據采集系統的要求來確定。
在人員、基礎數據和網絡基本準備好的情況下，可以將系統安裝到車間（分廠）和相關的業務部門中，并進行一系列原型測試。原型測試用企業的典型數據對軟件功能進行測試，也稱計算機模擬。
由于MES系統是信息集成系統，所以在測試時，應當是全系統的測試，相關部門的人員都應該同時參與，這樣才能理解各個數據、功能和流程之間相互的集成關系，找出不足的方面，提出解決問題的方案，以便接下來進行補充開發、二次開發或用戶化。
由于行業與企業的特殊性以及MES系統的成熟性問題，在系統原型測試后常常會發現許多問題以及部分功能上的不足，需要對系統進行補充開發與二次開發。由于MES與ERP、數據采集系統、DCS系統等有數據集成要求，因此，為了簡化數據準備時間，必要時應在系統二次開發的同時進行系統的集成開發。
三、運行階段的管理
在用戶基本掌握系統功能的基礎上，企業可以將各種必要的數據錄入或導入系統。帶著車間（分廠）日常工作中經常遇到的問題，組織項目小組進行實戰性模擬。此時，要對測試和模擬中發現的不合適系統界面與報表進行用戶化。
在模擬運行和制定工作規程的基礎上，可以對系統進行試運行。試運行時既要按原來的手工管理模式進行操作，同時又要按MES的管理模式進行操作。此時，相關業務人員的工作量就會增加，特別是那些需要進行大量人工數據錄入的工作崗位，工作量會大大增加。對此，企業領導需要采取相應的對策。
切換運行是指把原來并行運行的業務切換到只有MES單系統運行。系統切換要根據企業的條件來決定應采取的步驟，可以各模塊平行一次性實施，也可以先切換一兩個模塊。在這個階段，所有終用戶必須在自己的工作崗位上使用終端或客戶機操作，處于真正應用狀態。原則上，系統并行運行的時間不宜過長，在條件合適的情況下盡早切換。
一個新系統被應用到企業后，實施的工作其實并沒有完全結束，而是將轉入到業績評價和下一步的后期支持階段。這是因為我們有必要對系統實施的結果做一個小結和自我評價，以判斷是否達到了初的目標，從而在此基礎上制定下一步的工作方向。
由于市場競爭形勢的發展，將會不斷有新的需求提出，再加之系統的更新換代，數據量的快速增加，IT技術的進步都會對原有系統構成新的挑戰。所以，無論如何，都必須在鞏固的基礎上，通過自我業績評價，制定下一目標，再進行改進，不斷地鞏固和提高。